Las actividades del Centro de Investigación de Métodos Computacionales (CIMEC) se remontan a inicios de la década de 1980, aunque en ese entonces no tenía ese nombre ni el actual estatus institucional. Efectivamente, en 1980 Alberto Cassano invitó a Sergio Idelsohn incorporarse al Instituto de Desarrollo Tecnológico para la Industria Química (INTEC) en la ciudad de Santa Fe, para formar el Grupo de Tecnología Mecánica (GTM) de ese instituto, instituto con doble dependencia de la Universidad Nacional del Litoral (UNL) y del CONICET. En 1981 comenzó a trabajar con cuatro becarios y rápidamente adquirió protagonismo en el área de los métodos numéricos aplicados a la ingeniería. En 1984 el GTM-INTEC organizó en Bariloche el Segundo Encuentro de Investigadores y Usuarios del Método de los Elementos Finitos (ENIEF). En 1985 el GTM-INTEC organizó el Primer Congreso Argentino de Mecánica Computacional (MECOM) desarrollado en las ciudades de Santa Fe y de Paraná. En ese mismo año se creó la Asociación Argentina de Mecánica Computacional (AMCA) con sede en la ciudad de Santa Fe.

Numerosos becarios desarrollaron sus tesis doctorales en el GTM con grados académicos otorgados mayoritariamente por la UNL a través de la Facultad de Ingeniería Química (FIQ) y de la Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas (FICH). Hacia fines de la década de 1990 la FICH crea el Doctorado en Ingeniería con Mención en Mecánica Computacional, en el cual participa activamente el CIMEC y acreditado con la máxima calificación prevista por la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU).

En 1996 la UNL crea el Centro Internacional de Métodos Computacionales en Ingeniería, con dependencia administrativa en el INTEC y desarrollando sus actividades en el edificio de dicho instituto ubicado en calle Guemes 3450 de la ciudad de Santa Fe. En 2003 se trasladó a las nuevas instalaciones en el Predio Centro Científico Tecnológico (CCT) del CONICET “Dr. Alberto Cassano” ubicado en las afueras del centro urbano de la ciudad.

En 2006 se trasladó a la primera etapa de su nuevo edificio ubicado en ese predio. El 14 de marzo de 2013 se crea el Centro de Métodos Computacionales (CIMEC) como instituto de doble dependencia UNL-CONICET. La segunda etapa del nuevo edificio fue inaugurada el 25/09/2015, por la entonces presidenta de la Nación, el presidente del CONICET, y el vicerrector de la UNL.

A la fecha, el CIMEC se ha consolidado como el centro de Mecánica Computacional más importante de la Argentina y una referencia en América Latina. Su crecimiento se ve fortalecido mediante un sostenido intercambio con grupos del exterior, especialmente de Estados Unidos de América (EEUU) y de estados miembros de la Unión Europea (UE), entre otros, de España, Bélgica, Italia, Francia, Alemania y Polonia, además de Suiza e Inglaterra.